Het Prentenkabinet van M is met zo’n 30.000 objecten goed voor ruim de helft van de totale M-collectie. Conservator Paul vanden Plas (1903-1967) verwierf als specialist in grafische kunst een belangrijk deel van de grafische collecties van M. Onder zijn stimulerende invloed stelde het museum in 1930 het prentenkabinet officieel voor. In 1935 zijn al 16.000 prenten verzameld. Hierin zijn, naast de 16e eeuw, vooral de 17e en 18e eeuw goed vertegenwoordigd. Een brede waaier van onderwerpen, technieken en stijlen komen aan bod. De deelcollectie bevat onder meer Rubensgrafiek, werk van Houbraken en de graveursdynastieën Collaert en Perelle, en een belangrijk fonds unieke tekeningen van Pierre-Joseph Verhaghen – hofschilder van keizerin Maria-Theresia.

Ook de CERA-collectie wordt door M beheerd, met 20e- en 21e-eeuws grafisch werk van onder meer Rops, Permeke, Delvaux, Broodthaers en Panamarenko. Daarnaast bevat de collectie een groot aantal gebonden volumes waaronder oude drukken van de 15e eeuw tot 1850, voornamelijk afkomstig uit de collecties van Edward van Even (1821-1905) en Victor Demunter (1858-1939), de eerste conservatoren van het Leuvense stedelijke museum. De Civitate Dei van de heilige Augustinus, een incunabel uit 1488 gepubliceerd in Leuven door Joannes de Westfalia is een bijzondere vermelding waard. Tot slot is er een klein maar bijzonder lot handschriften met (erkende) topstukken zoals het Memorieboek van Willem Boonen uit 1594 en het collegedictaat Logica van Jan Wouters uit 1648-1650.

Tussen 2016 en 2020 vormde de collectie losbladige prenten en tekeningen van M het onderwerp van een grootschalig registratie- en conservatieproject. M bouwde voor de uitvoering hiervan een gemotiveerd en performant team van meer dan 40 vrijwilligers uit. In 2019 startte M vervolgens met een eerstelijnszorg conservatieproject aan beschadigde of kwetsbare werken uit de M-bibliotheek. Het project Druk! Werk! kon dankzij een Vlaamse projectsubsidie in 2020 de digitale registratieachterstand inhalen met betrekking tot ongeveer 5.000 losbladige prenten en tekeningen. De gebonden grafiek bleef tot nu toe voor deze handelingen buiten beschouwing omwille van zijn specificiteit in aard en aanpak.

In het project Boek/Delen registreert, digitaliseert en ontsluit M voor het eerst zijn diverse collectie gebonden grafiek (oude drukken, handschriften en prentenalbums) volgens een duurzaam protocol dat wordt opgesteld in samenwerking met Vlaamse en Nederlandse projectpartners. De realisatie van dit complexe traject met focus op LOD in collectiebeheersysteem Axiell Collections en het ter beschikking stellen van datasets als open data biedt een referentiecase voor breder gebruik in de sector.